Base de datos de compuestos químicos
Un generador de grafos químicos es un paquete de software para generar representaciones informáticas de estructuras químicas que se adhieren a determinadas condiciones de contorno. El desarrollo de este tipo de paquetes de software es uno de los temas de investigación de la quimioinformática. Los generadores de grafos químicos se utilizan en áreas como la generación de bibliotecas virtuales en el diseño de fármacos, en el diseño molecular con propiedades especificadas, denominado QSAR/QSPR inverso, así como en el diseño de síntesis orgánica, la retrosíntesis o en sistemas para la elucidación de estructuras asistida por ordenador (CASE). Los sistemas CASE han vuelto a cobrar interés para la elucidación estructural de incógnitas en metabolómica computacional, un área actual de la biología computacional.
La generación de estructuras moleculares es una rama de los problemas de generación de grafos[1]. Las estructuras moleculares son grafos con restricciones químicas como valencias, multiplicidad de enlaces y fragmentos. Estos generadores son el núcleo de los sistemas CASE. En un generador, la fórmula molecular es la entrada básica. Si los fragmentos se obtienen a partir de los datos experimentales, también pueden utilizarse como entradas para acelerar la generación de estructuras. Los primeros generadores de estructuras eran versiones de generadores de grafos modificados para fines químicos. Uno de los primeros generadores de estructuras fue CONGEN,[2] desarrollado originalmente para el proyecto DENDRAL, el primer proyecto de inteligencia artificial en química orgánica[3]. DENDRAL se desarrolló como parte del programa Mariner lanzado por la NASA para buscar vida en Marte[4][5] CONGEN trataba bien los solapamientos en subestructuras. Se utilizaron como bloques de construcción los solapamientos entre subestructuras en lugar de los átomos. En el caso de los estereoisómeros, se realizaron cálculos de grupos de simetría para la detección de duplicados.
Búsqueda de estructuras químicas
En esta barra de herramientas puede seleccionar entre una serie de elementos, también puede elegir un elemento de la tabla periódica utilizando el último botón. Puede utilizar el elemento para crear nuevos átomos o modificar átomos existentes.
Puede cargar moléculas de grandes bases de datos como PubChem y RCSB utilizando el formulario de búsqueda situado a la izquierda de la barra de menús. Escriba lo que busca y aparecerá una lista de moléculas disponibles.
Puede incrustar un compuesto, macromolécula o cristal específico utilizando la URL o el código HTML proporcionados. Tenga en cuenta que la estructura vinculada es la que se muestra actualmente en la ventana del modelo. También puede copiar la URL de la barra de direcciones para enlazar con la estructura actual.
Puede elegir entre tres motores de renderizado diferentes: GLmol, Jmol y ChemDoodle. GLmol se utiliza como motor de renderizado por defecto. GLmol y ChemDoodle se basan en WebGL, una tecnología de navegador para soportar gráficos 3D. Si WebGL no está disponible en su navegador, se utilizará Jmol para todo el renderizado.
Puedes rotar, desplazar y ampliar el modelo 3D. Utiliza el botón derecho para girar, el botón central para desplazar (excepto para ChemDoodle) y la rueda de desplazamiento para hacer zoom. En los dispositivos táctiles, puedes girar el modelo con un dedo y escalarlo utilizando dos dedos.
Dibujar estructuras químicas online gratis
Utilice esta herramienta de búsqueda de estructuras químicas para buscar en nuestra base de datos química una coincidencia exacta o de subestructura de su molécula de interés. También puede utilizar esta herramienta para dibujar y modificar estructuras químicas orgánicas y organometálicas estándar.
Utilice esta herramienta de búsqueda de estructuras químicas para buscar en nuestra base de datos química una coincidencia exacta o de subestructura de su molécula de interés. También puede utilizar esta herramienta de estructura química para dibujar y modificar estructuras químicas orgánicas y organometálicas estándar.
Búsqueda de estructuras en Chemspider
ResumenLa generación de espacios químicos de isómeros constitucionales ha sido un tema de la quimioinformática desde principios de la década de 1960, con aplicaciones en la elucidación de estructuras y en otros ámbitos. Para llevar a cabo dicha generación de forma eficiente, exhaustiva y libre de isomorfismos, el generador de estructuras necesita asegurar la construcción de grafos canónicos ya durante el paso de generación y no mediante un filtrado posterior. Aquí presentamos MAYGEN, un generador molecular de isómeros constitucionales desarrollado en Java puro y de código abierto. Se esbozan los principios de la arquitectura y el algoritmo de MAYGEN y se compara el software en modo de un solo hilo con la solución MOLGEN, de última generación pero de código cerrado, así como con la mejor solución de código abierto PMG. Según la evaluación comparativa, MAYGEN es, de media, 47 veces más rápido que PMG y tres veces más lento que MOLGEN.
Un grafo con p nodos debe tener al menos \((p-1)\) aristas. Dado que una arista está conectada con dos nodos en un grafo, la suma de sus grados de nodo debe ser igual o mayor que \(2*(p-1)\).Distribución de hidrógenoPara una fórmula molecular dada, MAYGEN procesa primero los hidrógenos y los distribuye a todos los demás átomos de todas las formas posibles, ya que un átomo de hidrógeno tiene una valencia de 1 y siempre puede tener un solo vecino. La función de distribución de hidrógeno toma dos entradas, la partición del átomo y el número de hidrógenos. Los hidrógenos se distribuyen en orden ascendente dentro de cada partición para evitar duplicados.Después de la distribución de hidrógeno, los grados iniciales y la partición inicial se actualizan para cada distribución de hidrógeno. Por ejemplo, los átomos no hidrógeno de la fórmula molecular \(\text {C}_{6}\text {H}_{6}\) tienen los grados iniciales respectivos como [4, 4, 4, 4, 4, 4] y la partición inicial {6}. Hay 7 posibles distribuciones de hidrógeno (Fig. 2) para estos átomos de carbono. Tras el paso de distribución de hidrógeno, las nuevas listas de grados y particiones de nodos se utilizan para el proceso de generación de estructuras. Con la distribución de hidrógeno previa, MAYGEN trata con una matriz \(6\times 6\) en lugar de una matriz \(12\times 12\). El tamaño de la matriz también influye en la prueba canónica, ya que esta prueba depende directamente de las permutaciones de las filas. El código de distribución de hidrógeno está disponible en la clase Java hydrogenDistributor.